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万历命别海附耳过来，悄声吩咐了几句，别海便躬身出去，只留下李全跪在地上。李全忐忑不安的偷眼去睨皇帝，只见万历负手站在御案前，眼睛盯着檀香炉中的袅袅白烟，仿佛在回想某些人和事。
不一会儿，外面响起沉重的脚步声，别海带着四名孔武有力的提刑司太监进来。这时候，万历才开启紧抿的嘴唇道：“李全，你可知罪！”
“奴婢，奴婢”李全惶恐道：“奴婢何罪之有？”
“何罪之有？”万历断喝一声，指着那些奏章道：“朕已经有言在先，一切奏章须经司礼监查验，对于敢言夺情之事的弹章，一律直接送锦衣卫，不得上呈，这是怎么回事？”他的眼中寒芒闪烁道：“你这个吃里扒外的东西，怎敢顶风作案，以上贺表为名，把这些玩意儿送到朕的面前！”
听到万历问到这个，李全才知事态严重，颤声答道：“这不干奴婢的事啊。奴婢只是转呈而已，方才在东暖阁的宫人都看见了，是秉笔太监侯义带着那些奏章到门口。奴婢满以为，他们已经查验过了，这才接过来，就直接呈送了。”
“还敢狡辩！”万历一拍桌案，厉喝道：“且不说什么猴太监、鸡太监，单说你是不是司礼监掌印，司礼监出了问题，你要不要负责？！”
“要……”李全垂头丧气道。
“要就好！”万历望向站在头前提刑太监道：“周必正，事情你都知道了，这李全该当何罪？”
提刑太监周必正这会儿犯了难，这种事情可大可小，说轻了皇帝肯定生气，说重了万一将来李全报复自己，也吃不了兜着走。心里一急，倒憋出了一个主意，恭声答道：“应该廷杖！”神奇的廷杖啊，可重可轻存乎一心。
这是个可轻可重的处置倒正中了万历的下怀，马上点头道：“就按你说的办，廷杖！你替朕重重地打！”说着将手向外一摆，道：“就在这门外打，叫那些不懂事儿的奴才都长长记性！”感情皇帝在午门外打出心得来了，要如法炮制，整顿内廷。
“奴婢一定长记性”这种惩罚，让李全连求饶的话都没法说，只能任由几个提刑太监带了下去。
不一会儿，宫里各处监局的头面太监都被召集来了，在东暖阁外的广场上站好。
那边提刑司太监也把李全扒成光猪，准备好行刑了。
安排好一切，周必正才想起，皇帝光说廷杖了，可没说多少下。
回头一看，只见万历负手站在门口，正一脸阴沉的望着场中。周必正赶紧小跑过去，跪下问道：“敢问皇上廷杖多少下？”万历冷冷道：“只管打就是了，别再多嘴！”
“打”周必正站起来转身下令。于是刚打过文臣的大杖，又落在了太监头子身上。唯一不同的是，因为担心吵到西暖阁的太后，
皇帝没有让人取下李全的嚼头。
一干太监瑟瑟发抖的看着掌印太监被打的血肉横喜，有些胆小的，干脆闭上眼不敢看。万历却嘴角挂着复仇的快意瞪大眼睛，一下都不肯漏过。
明间，李太后还是听到动静，过来看了一趟，见把李全打得不成人形有点沉不住气道：“阿弥陀佛！打得不行了，皇上罢手了吧”
万历却笑笑道：“母后，您别管，这里有朕呢！回去歇着吧”
李太后看看儿子一脸镇定的表情，鼻子一酸，眼里溅出泪花道：“皇上有主意了母后不管了”便在女官簇拥下回西暖阁念经去了。
送走了太后，万历回来发现板子停了，人也一动不动了。登时怒道：“谁让你们停下的！”
周必正赶紧过来禀报说：“皇上李全己昏死过去了”
万历看看周必正，那双像极了乃祖的狭长双目微眯道：“昏死那就是还没死……”
“是”周必正畏惧的望着年轻的皇帝，心里第一次把他当成真正的皇帝。
“你也要徇死么？”万历冷冷的看着他道。
“奴婢不敢”周必正赶紧跪地摇头道。
“朕来问你，隆庆六年，廷杖他的前任时”万历幽幽道：“打了多少杖？”
“回皇上，是四十杖。”周必正恍然明白了，李公公这顿无妄之灾，其实来得一点也不怨。
“当年四十杖，就能把朕的大伴活活打死”万历眼中闪着泪花，脸上却杀气腾腾道：“现在的四十杖，却只把他打个半死，周必正啊周必正，我看你是想和他做伴。”
“奴婢不敢！”周必正猛地磕头，大声道：“回禀万岁爷，方才一共打了三十九杖，离四十杖还有一下！”
“好，打不死他，死的就是你。”万历冷冷道。
周必正打个寒噤，大声应下，立刻回到外头，看李全时，已悠悠地醒了过来不错，提刑司的人手下留情了，别看打得不成人形，但其实只是皮肉伤，如果这就回去，抹上宫廷秘制的金疮药，不出一个月，就能起来跑步了。
然而周必正已经没法再留情了，他看了一下左右的打手，走上前对李全拱拱手，大声说道：“李公公，非是小人手下不留情，万岁爷今儿个是要您的命，君要臣死，臣不得不死，您一路走好吧。”看着李全眼里的绝望惊恐，周必正暗暗一叹道：“念你我多年交情，兄弟叫他们下得利索一点儿，包您少吃苦头”说着便一挥手，早就准备好了的行刑太监，举起廷杖照李全脑后狠劈一棒。李全的腿蹬了几蹬，便七窍流血，呜呼哀哉了。
万历这才觉得心中郁气稍平，起身欲归，挥挥手道：“都散了吧”
“奴婢告退”太监们齐刷刷磕头退下，比来的时候规矩多了。
提刑司用毡子把李全卷了运去化人场，然后西暖阁的小太监端来水和毛巾，清洗着地砖上的血迹和碎肉。
“大伴，朕今天终于为你报仇了……”万历依然站在门口，他抬头望着天空，泪水流过双颊，暗暗道：“原来报仇是这么简单，可笑朕还忍了他多少年要是你还在，朕肯定不会懵懵懂懂这么多年……
当天下午，部元标等十三人又被逮捕，没有午门示众的待遇，连夜就在镇抚司执行廷杖。与此同时，万历对群臣下了一道严厉的敕谕：“朕身为君主，有权决定大臣的进退予夺：张居正身任天下之事，岂容一日去朕左右？群奸小人借纲常之说，行排挤之计，就是要孤立朕。今后若有邪恶之徒再欺君罔上，定罪不饶”这一桩桩事情，猛烈地冲击着人们的心脏，然而最叫人震惊的事情却是在半夜发生。在这个不太平的日子里，连老天爷都跟着凑热闹……
这天夜里，位于皇城之东，鸿胪寺以南的钦天监中，钦天监正罗明坚，正在和他的助手利玛窦，以及他的学生邢云路、徐光启、正在用一台刚架设不久的大号望远镜观测璀璨的夜空。
今夜无云，正是观测的好时节，那个叫徐光启的年轻人，在老师的指导下，把镜头指向了月亮。只见他平时熟悉的那个千娇百媚、美轮美奂的硬盘，在望远镜中，却成了一张千疮百孔、丑陋不堪的“大麻脸”不由吃惊道：“天哪，这就是嫦娥住的地方？！”
他的老师罗明坚，是个有着大鼻子，蓝眼睛的欧洲人，身上却穿着正五品的大明官服。这毫无疑问的说明，他正是钦天监的主人，大明朝的钦天监正。让一个“西夷”“生蕃”，担任承担观察天象、颁布立法的重要部门的负责人，这放在十几年前，是谁也想不到的。但是现在，两京钦天监都是由西洋人当家了。
这一切，还得从当年的沙勿略神父说起，在沈默的庇护下，沙神父在嘉靖末年抵达了北京，并在隆庆初年见到了皇帝，进献了各种西洋玩物。其中的西洋乐器和钟表，深得皇家喜爱。因为乐器和钟表都需要定期调试，皇帝便给了他大明子民的身份，允许其在北京常住。
沙勿略精通汉语，对《四五经》等儒学经典的造诣，甚至超过了许多明朝官员，他也因此成为京城各种聚会的座上客，因此结识了很多高官名士，甚至于其中不少人相交莫逆。
博学多才、品质高贵、温和优雅的沙神父，用自己不懈的努力，改变着大明朝皇帝、官员、甚至百姓，对西洋人的看法，证明欧洲人不是野蛮人，而是有着同样高度发达文明的，只不过毛多了点而已经娄三年多的不懈努力，沙勿略终于实现了他的毕生夙愿，隆庆皇帝允许他在京城修建一座教堂，并传播自己的宗教。在朋友的帮助下，沙勿略在玄武门内买到一处地产，并重建为教堂。到了万历三年，教堂竣工，看着富丽堂皇的巴洛克风格建筑，沙勿略此生无憾，含笑长逝……遵照他的遗愿，沙神父的灵柩被安葬在教堂后的空地上，在管风琴的优雅乐声中，永远的陪伴着自己的孩子。
沙勿略虽然去世了，但他毕生的心血，已经结出累累硕果。在北京十年间，经他洗礼入会的教徒，达到八千多人，其中不乏高官、名士……这还是沙勿略接受了沈默的劝告或者说警告，控制了入会人数。
否则以他和他的，治病救人，布施贫苦，以及那套成熟的神论，在北京城拉起个几万人的帮派，是绝对没有问题的。
沙勿略很清楚自己的使命，只是要让天主教在大明朝站稳脚跟，至于发扬光大的事情，那是该后辈来完成的。所以他很认同沈默给出锋“控制数量，以质取胜：建立口碑，长远取胜，的方针。”
而且他也意识到，仅靠学习汉话，熟读儒家经典，并不能真正赢得明朝人的尊重士大夫们只会把他们当成是唐朝的各国遣唐使，慕名来学习中华文化的后进而已。要想赢得他们的尊重，还得拿出强过他们的东西，因为在接触中他发现，明朝的士大夫，对于未曾认识的东西，十分好奇，很尊重掌握这种知识的人，并且能够虚心学习。
这个年代的欧洲，有什么比大明强的呢，那就是科学所以沙勿略把自己的居处，变成了传播科学文化的科技馆，并让耶稣会派来的传教士，向他们讲解天文、地理、数学、医学、音乐、美术等多方面知识。许多大明的官员和读书人都在他们这里，开启了对科学的兴趣，并兴致高昂的学习。大明的最高学府国子监，还聘请了这些传教士，教授在监生们实用的科学知识……这一切都使得天主教在大明拥有了良好的声誉，并且蒙上了几分崇高的色彩。
沙勿略去世后，他的这一政策，得到了继任者罗明坚的坚定贯彻。而罗明坚本人，更是指出现行历法中的错误，撰写了修订历法方面的奏章，通过朋友递交给朝廷。
在沈默的高度重视下，经过比较实践，发现罗明坚制定的历法，确实要比本朝更先进。然而保守势力极力反对用“西法，制历，认为只有宋代理学的“皇极经世，才适用于中国历法，所以坚持唐朝的皇极历法。
然而之后两次日蚀，用传统方法预报错误，而罗明坚用西法预测则十分准确，这才迫使朝廷接受西法，编出“万历历书”并由首辅沈默定名为“农历”。虽然由于守旧派的极力反对“农历”，暂时并未实行，却为罗明坚谋得了这份钦天监正的差事。